官房长官菅义伟高票当选自民党总裁，在9月16日召开的临时国会上被指定为日本第99代首相。
菅义伟曾任总务大臣、邮政民营化担当大臣等，但是没有担任过外交领域的阁僚，如外务大臣和防卫大臣等，也很少与外国首脑进行个人交往，在外交方面似乎没有什么具有个性和特别鲜明的观点，因此人们普遍对他的外交手腕表示担心。
在新型冠状肺炎流行以后，世界的整个格局发生了巨大的变化，尤其是中美关系尖锐对立，中国和美国、欧洲在意识形态上的对立日益加深，和周边国家的领土纷争也日益激烈，怎样把握这样的风云突变的国际形势，展开日本的安全保障和外交，是一个十分艰难的课题。
首先在对美关系上，菅义伟主张以日美关系为外交的基础，继承安倍的外交路线，但是目前美国与中国尖锐对立，如果美国在亚洲要建立“亚太版北约”，日本该怎么办？美国国务院常务副国务卿比根（Stephen Biegun）8月31日曾表示，华盛顿的目标是将与印度、日本和澳大利亚建立更紧密的印太防务关系，即将“四方安全对话”或称“四国机制”（The Quadrilateral Security Dialogue，简称Quad）正规化，使之更接近于北约，明确指出要建立“亚太版北约”，而在经济上，在新冠流行以后，日本对世界上唯一一个经济出现正增长的最大的贸易伙伴和巨大的市场—中国的依赖度更高，日本7月时隔3个月出现贸易顺差，依赖于对中国的出口增加，面向经济开始摆脱新冠疫情影响经济逐步好转的中国，出口时隔6个月转增，而对美出口到7月为止连续12个月走低，如果美国逼着日本和中国进一步对立，日本该怎么办呢？再一个就是新冠危机使美国经济和财政一落千丈，在日美防卫上，如果特朗普当选，一定会强迫日本增加防卫负担。有关防卫的《日美特别协定》每5年签订一次，现行特别协定的期限到2021年3月底到期，而新的《日美特别协定》敲定2021年度以后5年内日本对驻日美军驻留经费的负担比例等，目前经济和财政上同样在新冠疫情中遭受重创的日本将怎样对应？这些都使日本胆战心惊，而菅义伟还没有来得及和美国首脑建立像安倍与特朗普那样的稳固和亲密的个人关系，面对日美关系，菅义伟处理起来要比安倍时代棘手得多？
在对华关系上，日本在新冠以后表现出了要在中美之间做“调节人”的姿态，在中美在新型冠状病毒于世界蔓延中尖锐对立之后，菅义伟在7月27日的记者会上，针对中美关系对立不断升级指出：现在新型冠状病毒感染在全世界蔓延，国际合作愈发显得重要，世界第一、第二经济大国的美中关系之安定对国际社会是极其重要的。
菅义伟指出:作为我国，与同盟国美国在强韧的信任关系的基础上，推进着在各领域中的合作，同时也与中国进行意见沟通，我们的这种想法没有改变。
但日中间在新冠流行以后在钓鱼岛问题对立尖锐化，中国海警船从4月14日至8月2日连续在钓鱼岛周边续航达111天，史上最长，5月上旬还接近作业中的日本渔船进行追逐，增加了日本对钓鱼岛的危机感，防卫大臣河野太郎曾考虑8月上旬在钓鱼岛上空视察。
一方面，在经济上对中国有很大的依赖性，另一方面又要依靠美国在领土问题上等与中国对峙，没有很多外交经验的菅义伟，怎样把握这个“火候”，十分引人注目。
面对另一个邻国韩国，也是问题堆积如山，如慰安妇问题、韩国海军驱逐舰用火控雷达照射日本海上自卫队侦察机问题、战时强征劳工判决问题、日本把韩国从出口审查优惠国的“白名单国”中剔除问题、韩国欲废弃与日本缔结的《军事情报保护协定》（GSOMIA）等等，无不是非常难以解决的外交问题。
而朝鲜绑架日本人问题、与俄罗斯之间的归还北方领土问题，在安倍任首相的时代就没有进展，到了菅义伟时代，国际格局显现出了以意识形态划分阵营的趋势，中、俄、朝与美国及西方自由世界的对立会更加尖锐化，这些问题也就更是难以解决。